Die erfahrene und engagierte Pfarrerin Judith Ehrmann (Claudia Michelsen) ist in ihrer kleinen Gemeinde allseits beliebt und angesehen. Mit ihrem Mann Christoph (Henning Baum), Musiklehrer am örtlichen Gymnasium, führt sie eine glückliche Ehe; auch das Verhältnis zu ihrem 16-jährigen Sohn Paul (Jordan Dwyer) ist gut, auch wenn der pubertierend-rebellische Teenager immer häufiger darunter leidet, als 'Sohn der Pfarrerin' stets etwas kritischer als andere betrachtet zu werden. Neben ihrer alltäglichen Arbeit leistet Judith als Notfallseelsorgerin Unfallopfern und deren Angehörigen Beistand - für sie ist diese herausfordernde Aufgabe keine Pflicht, sondern eine Berufung. Doch durch einen schweren Unfall mit Fahrerflucht gerät ihr Leben aus dem Gleichgewicht. Noch am Unfallort stirbt die 16-jährige Beifahrerin, eine Mitschülerin ihres Sohnes; der junge Mann am Steuer wird schwer verletzt ins Krankenhaus gebracht. Nicht nur die Eltern des getöteten Mädchens sind zutiefst erschüttert, auch an Judith gehen die emotionalen Nachwirkungen nicht spurlos vorüber. Der einzige Unfallzeuge hatte einen schwarzen Kombi gesehen - genau so einen Wagen fährt ihr Mann Christoph. Sollte er etwas mit dem Unfall zu tun haben? Oder gar Paul, der sich seit der Unglücksnacht so eigentümlich verhält? Die nagende Unsicherheit lässt Judith nicht mehr los. Aber auch die drängende Entscheidung, ob sie als Bischöfin ins ferne Berlin ziehen will, stellt den familiären Zusammenhalt auf die Probe. Zudem bringt der ermittelnde Kommissar Minow (Thomas Loibl), der auf zurückhaltende Weise mit ihr flirtet, Judith mehr und mehr aus dem Konzept. Die sonst so besonnene und souveräne Frau beginnt zu zweifeln: an sich selbst, an ihrem Glauben, an ihrem Beruf - aber auch an ihrer Ehe. Erst allmählich scheint es ihr zu gelingen, aus diesen Zweifeln eine Kraft zu ziehen, die sie ihrer Familie und ihren Überzeugungen wieder näherbringt.

Das vielschichtige Drama erzählt von einer Frau, deren Vertrauen in ihre Familie, aber auch in ihre eigenen Werte, durch die Saat eines bösen Zweifels zunehmend ins Wanken gerät. Dabei wirft der gleichermaßen anspruchsvolle wie bewegende Film grundlegende Fragen über Vertrauen, Verantwortung und Moral auf, ohne leichte Antworten zu geben - so etwa, ob man einen geliebten Menschen durch eine Lüge schützen darf. Das Drehbuch zu 'Im Zweifel' schrieb die zweifache Grimme-Preisträgerin Dorothee Schön; Regie führte die ebenfalls zweifache Grimme-Preis- und Deutsche Filmpreisträgerin Aelrun Goette, die sich bereits in ihren hoch gelobten Filmen wie 'Unter dem Eis' und 'Keine Angst' mit Menschen in moralischen Extremsituationen befasste.