Nils genießt das aufregende Leben mit den Gänsen. Allerdings muss er sich an sein Leben als Winzling erst gewöhnen. Jetzt lauern überall Gefahren. Vor allem die Suche nach Essbarem ist gefährlich, besonders weil der böse Fuchs Smirre ihm und den Gänsen immer wieder das Leben schwer macht.

Zu Hause machen sich alle große Sorgen um Nils. Seine Eltern glauben, er sei aus Angst vor einer Strafe davongelaufen. Åsa allerdings hat eine andere Vermutung. Und als sie hört, dass eine weiße Hausgans inmitten eines Schwarmes Wildgänse gesehen wurde, macht sie sich kurzerhand auf die Suche. Åsa ist davon überzeugt, dass Nils versuchen wird, die verloren gegangene Hausgans Martin zurückzubringen.

Nils gerät währenddessen in die Fänge von Smirre, der droht, ihn zu fressen, wenn er ihm nicht augenblicklich den Lagerplatz der Gänse verrate. Die Gänse sind jedoch bereits in Alarmbereitschaft und können Smirre knapp entkommen. Als sie sich wiedertreffen, verschweigt Nils seine Begegnung mit dem Fuchs.

Nach einem langen Weg entdeckt Åsa eine weiße Gans inmitten eines Schwarmes von Wildgänsen. Kurz darauf findet sie einen winzigen Schuh, auf dem der Name Nils Holgersson steht. Ein erster Hoffnungsschimmer für sie!

Zu Hause auf dem Hof setzt die Koboldinnung dem Hauskobold zu: Sollte Nils nicht bis zum Ende des Sommers wieder zu Hause sein, würden dem Kobold seine Zauberkräfte entzogen und er durch eine Nachwuchskraft ersetzt.

Auf der Rast der Wildgänse am großen Vogelsee gerät ein kleiner Junge mit seinem Boot in Gefahr. Mit Nils Hilfe können die Gänse ihn retten. Alles wäre in bester Ordnung, tauchte da nicht wieder Smirre auf. Er bietet Akka an, sie und ihre Gänseschar für immer in Ruhe zu lassen, wenn sie ihm Nils ausliefere. Als Akka darauf nicht eingeht, erzählt Smirre ihr, wer ihm damals ihren Lagerplatz verraten hat.

Der Klassiker von Selma Lagerlöf wurde mit speziell dafür ausgebildeten Tieren, aufwendigen Animationen und visuellen Effekten realisiert. Bastian Pastewka, Jan Josef Liefers, Ralf Schmitz, Yvonne Catterfeld und Ben Becker leihen den Tieren in dieser Realverfilmung ihre Stimmen. Nils wird von Justus Kammerer, bekannt aus "Zwerg Nase", gespielt.