Auf dem Weg von Buenos Aires nach Feuerland, von wo aus Junker mit einem Eisbrecher in die Antarktis aufbricht, stehen die starken Frauen Argentiniens im Mittelpunkt. Ohne sie würde das Alltagsleben oftmals nicht funktionieren.

Da sind u.a. Maria und Yanina, die im kleinen Ort Fulton aus einem still gelegten Bahnhof eine florierende Konditorei gemacht haben. Da ist Romina, die in ihrem 70-Seelen-Dorf einen Laden eröffnet hat, der nun dank ihrer Spezialitäten sogar von Käufern aus entfernten Städten aufgesucht wird und rentabel ist. Und da ist Diana, die über 20 Jahre als Kapitänin große Ozeanschiffe gesteuert hat und nun am südlichsten Ende von Argentinien sehr erfolgreich ein kleines Restaurant betreibt, in dem man zwar keine Speisen auswählen kann, dafür ein kulinarisches Erlebnis der Extraklasse erlebt.

Ein Vierteljahrhundert nach seiner erfolgreichen Expedition zum Südpol zieht es den MDR Filmemacher Thomas Junker erneut in die Antarktis. Die neue 6-teilige Dokumentation Thomas Junker unterwegs – Tief im Süden entführt die Zuschauer an den südlichen Rand der Zivilisation und zeigt zudem die Faszination der antarktischen Welt voller Gletscher, Eisberge, Seelöwen, Wale und Pinguine. Junker geht auch der Frage nach, welche Folgen der Klimawandel auf diese so abgeschiedene Region hat.

Start der Filmexpedition ist die Tangometropole Buenos Aires in Argentinien. Durch die Pampa und Feuerland erreicht Junker im Süden des Landes die Stadt Ushuaia. Hier geht er an Bord eines kleinen Eisbrechers, der ihn für drei Wochen in die Antarktis bringt.

Da der Eisbrecher anschließend in die Arktis überführt werden muss, nutzt Junker die Chance, um einige sehr unzugängliche Inseln im Atlantik zu besuchen. Tief im Süden wird so zu einem Film voller Kontraste. Der Filmemacher berichtet nicht nur über das Leben im ewigen Eis, sondern erzählt auch viele Geschichten von den zum Teil sehr abgeschiedenen Atlantikinseln Kapverden, St. Helena, Tristan da Cunha sowie Südgeorgien.

Auch dieses Mal sind wieder die Begegnung mit den Menschen und ihrem Alltag in den zumeist extrem abgelegenen Regionen Sinn und Zweck der Dokumentarfilmreihe von Thomas Junker. Ihm gelangen auch diesmal wieder spektakuläre Bilder der grandiosen Landschaften und der antarktischen Tierwelt.